«Кажется, теперь я понимаю... Ты боишься что-то потерять, верно?» Пришла осень. Противостояние главного героя и команды SEES со странными монстрами, называемыми Тенями, приближается к концу. Макото и его сторонники ведут сражения насмерть, чтобы положить конец Темному Часу. Кто-то должен быть готов к смерти друзей и близких, кто-то должен понять, что важно и что нужно защищать, а кто-то должен найти смысл в былых боях. В окружении Макото появляется загадочный студент по обмену, Рёджи Мочизуки. Шестерни судьбы начинают вращаться с каждым новым утром для SEES. Напряжение между героями нарастает.

Главный герой (в игре мы придумываем ему имя, в манге он был Seta Souji, а теперь ему уготовили имя Yu Narukami) из-за некоторых обстоятельств вынужден приехать в небольшой городок Inaba, где ему предстоит отучиться один год. Обитать он будет в доме своего дяди - детектива Ryotaro Dojima, который после гибели свой жены вынужден совмещать нелегкую работу и воспитание дочки Nanako. Казалось бы, такого может произойти дальше? Однако первые дни Yu в новой школе омрачаются таинственным убийством школьницы, найденной свисающей с телевизионной антенны, прогремевшим на весь небольшой и тихий город. Параллельно этому Yu узнает от друзей о некоторой городской легенде: если смотреть телевизор в полночь во время дождя, то можно увидеть отражение своей души. А когда это оказывается правдой, то что будет твориться дальше описывать уже бесполезно - это нужно видеть самому.

История разворачивается вокруг шестнадцатилетнего подростка, недавно переехавшего жить в Токио. Главный герой селится у друзей своих родителей, после чего знакомится со своими новыми одноклассниками — школьным хулиганом Рюджи Сакамото и замкнутой девушкой Анн Такамаки, а также с таинственным существом по имени Моргана, внешне очень похожем кошку. После некоторых событий товарищи образовывают группу «Призрачных похитителей сердец» для изучения сверхъестественного места под названием «Дворец», чтобы красть злые мысли и желания из сердец других людей.