2045 год. Земля подвергается нападению неизвестных существ. В битву с захватчиками вступают ученицы военной академии Синдзюгаминэ.

Действие происходит в недалёком будущем, через 33 года после того, как через гиперпространственный переход на Землю вторглись пришельцы, которых называют JAM. Совместными действиями стран мира и ООН вражеские силы были вытеснены на родную планету Фею, где продолжают идти военные действия. Но на Земле почти успели забыть о произошедшем и начали воспринимать войну с JAM как сюжет фантастического романа. Главный герой, лейтенант Рей Фукаи, является пилотом «Вьюги», истребителя с уникальным интеллектом, высокой боевой мощью и маневренностью. «Вьюга» и Рэй входят в состав 5-го подразделения Специальных Воздушных Сил (SAF), которые являются частью FAF – Воздушных Сил Феи. Тем временем JAM научились не только копировать технологии землян, но также предприняли попытку проникнуть в FAF, ставя под угрозу пребывание людей на Фее. Необычные способности «Вьюги» и Рэя могут стать последней надеждой закончить войну.