Остатки человечества покинули Землю, разрушенную Темными Ангелами, и расселились по новым мирам и пространствам. Через 12 тысяч лет после действия первого сезона жизнь на планете Вега течет тихо и патриархально, современные технологии скрыты за кадром, а на дворе будто снова XX век. Увы, идиллия кончилась вторжением из иного измерения, с планеты Алтея, чьи огромные автоматы-Сборщики который год похищают самых красивых и здоровых веганок. Защитники планеты могут надеяться лишь на наследие прошлого, боевые машины-Векторы, которые успешно справляются с обычными Сборщиками, но бессильны перед прикрывающими их воинами-алтейцами. Именно в такую заварушку угодили сирота Амата Сора и аристократка Миконо Судзусиро, только что познакомившиеся в старом кинотеатре. В горячке боя, когда обоим грозила смерть, Амата отбросил страх и освободил силу Полета, которой владел с детства. Вскоре из облаков дыма и пыли восстал суровый гигант Акварион. Вот так вчерашний сирота попал в организацию Нео-ДИВА и в дружную семью «элементов», а на Вегу пришла надежда. Только почему на Алтее возрождению Аквариона радовались куда больше? Каковы корни Аматы, чья он инкарнация? Есть ли у конфликта разумное решение или правда у каждой стороны своя? Ответы даст только новое прочтение старых мифов!

Будущее. Организация «Деава» сражается с инопланетной расой Теневых ангелов, которые 12 тысяч лет назад уже пытались уничтожить Землю. 15-летний пилот истребителя «Деавы» по имени Аполлон является реинкарнацией падшего ангела по имени Аполлоний, который когда-то вступил в битву с соплеменниками, чтобы не допустить разрушения Земли.