Рассказ о школьных буднях Канэ Химуро, Каэдэ Макидэры и Юкики Саэгусы.

Сюжет развивается в 2015 году во время финальной эпохи, над которой магия всё ещё властвует. Для наблюдением за безопасностью мира и выживания человечества была создана организация Caldea. Организация наблюдает за миром, который может быть увиден только с помощью магии, а также за миром, который можно измерить только наукой. Благодаря усилиям многих исследователей путь человеческой истории был определён на 100 лет в будущее. Однако, без предупреждения, царство будущего, которое находится под постоянным наблюдением Caldea, исчезло. В то же время подтвердилось вымирание человечества к 2017 году. Очевидная причина исчезновения была в японском городке Fuyuki в 2004 году. В этом городе было обнаружено "ненаблюдаемое царство", до этого никогда там не существовавшее. Caldea выпустила Великий Приказ на "Экспедицию за Священным Граалем". Экспедиция должна найти, выявить и по-возможности уничтожить вероятность, которая приведёт к вымиранию человечества.

Мир на грани уничтожения, а обязанность защищать его теперь ложится на плечи Сиро Эмии. Но ценой спасения человечества может стать жизнь его младшей сестры Мию.

Несколько историй из жизни Иллии, Руби, Кирэи Котоминэ, Мию и многих других.

Провинциальный городок Камакура — старая столица Японии, где по сей день живы традиции и легенды. Говорят, в местном управлении полиции все еще функционирует отдел по делам лесных духов, а всех диких енотовидных собак в обязательном порядке регистрируют целыми семьями (вдруг среди них есть оборотни тануки). Ещё в Камакуре всегда любили селиться писатели. Оказался среди них и детективщик Иссики. C молодой женой они расследуют преступления и загадки, связанные с призраками, оборотнями и даже инопланетянами.