В 2115 году Японии, которую мы знаем, больше не существует. Её место заняли две параллельные вселенные, разнящиеся друг с другом. Если в одной из них царит анархия, и наёмники всех сортов вольны делать всё что пожелают, то во второй установился тоталитарный режим, бдительно контролирующий жизнь каждого человека и никому не дающий свободы. Два этих общества так и существовали бы, не начни миры вдруг сливаться, что создало множество проблем для обоих правительств, которые решили найти радикальный выход из сложившейся ситуации. Чтобы обеспечить выживание своего политического режима и устранить угрожающий ему жизненный уклад параллельной вселенной. Набрав группу стрелков родом из обоих миров, они направили своих бойцов в прошлое на сто лет – в единую Японию 2015 года. Там, ещё до возникновения параллельных вселенных, бойцы должны сразиться друг другом, чтобы определить победителя, а также помешать возникновению мира врагов.

Высоко над облаками находится удивительный мир летающих существ: легендарное Небесное Королевство. Этой волшебной стране грозит опасность! Небесный Клон, правитель Нижнего Мира, и его подручные хотят внести в этот мир Хаос и беспорядок. Королева Скайла обратилась за помощью на Землю.

Продолжение повествования. События разворачиваются спустя два года после происходившего в фильме Небесный Фафнир: Мёртвый Агрессор - Рай и Земля. Сюжет рассказывал о смертельном противостоянии инопланетных чудовищ, известных как «Фестумы» и остатков человечества Земли. При этом главным козырем выживших землян как всегда выступали гигантские боевые роботы, пилотируемые подростками с особыми ментальными способностями.