В недалеком 2029 году сети и компьютеры развились до того, что появилась возможность создавать высокотехнологичных киборгов с полной интеграцией в Сеть. Главная героиня Кусанаги Мотоко - киборг, с человеческим разумом внутри кибернетического тела, майор Девятого отдела, созданного для спецопераций правительства. В Сети объявляется некий Кукловод, манипулирующий людьми через ту же Сеть, заставляя их действовать в его интересах. Его поимкой и занимается Девятый отдел. Но не все так просто, Кукловод оказывается разумным вирусом, разработанным "коллегами" из Шестого отдела для промышленного шпионажа и т.д., в деле оказывается замешана политика...

«Майор» Мотоко Кусанаги, Бато и другие сотрудники секретного Девятого отдела разрешают международный кризис с заложниками, ведут охоту на самовольно покинувший полигон шагающий танк и расследуют серию самоубийств андроидов устаревшей модели. Когда погибает старый друг Тогусы, оперативники выходят на след загадочного хакера по кличке «Смеющийся человек»

Героями этого миниатюрного сериала являются Татикомы, обладающие некоторым интеллектом роботы, выглядящие как паукообразные и очень подвижные маленькие танки. Каждый из Татиком наделён индивидуальными чертами, но поскольку периодически эти роботы синхронизируются друг с другом, то все они разделяют ту же память и тот же опыт — полезная функция для непрерывно совершенствующихся тактических систем. Будучи самым опасным и эффективным оружием Девятого Отдела, занятым предотвращением кибернетического терроризма, Татикомы во многом напоминают малышей, чей крайне наивный и невиный образ мыслей развивается и «взрослеет» от серии к серии, а их детская непосредственность и любопытство нередко приводят роботов-малюток к очень комичным ситуациям.

Современная адаптация японской манги, рассказывающей о суровых рабочих буднях девятого отдела МВД Японии. Киберпреступления уже не новость и этим никого не удивишь. В Японии в последнее время количество киберпреступлений возросла и эта тенденция сохраняется. Для борьбы с киберпреступниками в Японии существует отдельный девятый отдел, в составе которого только настоящие профессионалы своего дела. Все его сотрудники за исключением одного, улучшены специальными киберимплантами, которые в несколько раз повышают умственную деятельность и физические данные. Последний же сотрудник, майор Кусанаги, и вовсе является киборгом.

Итак, дело происходит в 2027 году, год спустя после завершения «четвёртой неядерной войны». Нью Порт Сити всё ещё не оправился окончательно от последствий боевых действий, но город уже вновь начинают сотрясать взрывы самоходных бомб. Примерно в то же время оказывается застрелен военный офицер, вовлеченный в незаконную торговлю оружием. В ходе расследования всего этого Дайске Арамаки из Отдела общественной безопасности встречает киборга и хакера экстра-класса Мотоко Кусанаги, приписанную к военному 501-ому секретному подразделению. Бато, сотрудник Арамаки и человек с «глазами, которые никогда не спят», подозревает, что именно Кусанаги ответственна за теракты. Тем временем Тогуса, детектив из префектуры Ниихама, одновременно расследует два убийства: в первом случае жертву застрелили, во втором жертва была проституткой. За самой же Мотоко пристально наблюдают глава 501-ого подразделения Куруцу и агенты-киборги.