Иттоки Сакураба был обычным школьником, пока однажды его жизнь не перевернулась с ног на голову. Он узнал, что его семья уже давно является главной в клане ниндзя, Ига. А теперь пришла пора ему взять на себя бразды правления. Семье Ига предстоит защититься от клана-противника, семьи Кога, которые хотят убить Иттоки! Ему остаётся лишь стать синоби, причём достаточно сильным, чтобы защитить и себя, и деревню. Теперь Иттоки учится в академии ниндзя Кокутэн, которая обучает техникам синоби. Здесь мальчик узнаёт о жизни современных ниндзя, их высокотехнологичном оборудовании и устройствах. Вместе с учениками из других кланов, Иттоки предстоит столкнуться с Когой и попытаться навсегда покончить с соперничеством.