1975 год. На своей подмосковной даче убит писатель, готовящий к выпуску книгу о гитлеровском палаче Алексе Лютом. Прямо перед смертью он успевает сообщить своему другу – начальнику спецотдела МВД по розыску военных преступников, генералу Петру Сомову – невероятную новость: Лютый, который считался погибшим с 1944 года, жив! Сомов даёт задание разобраться в этом деле своему лучшему следователю – полковнику Егору Сухареву. В этом ему помогает новый сотрудник спецотдела – старший лейтенант Борис Касьянов.

Молодой оперуполномоченный Андрей возвращается в родной город Южноморск, где он вырос и провёл всё детство. С этим городом у него связано множество событий и воспоминаний. Однако повод для возвращения в город у Андрея печальный – умер близкий человек. Опер приехал сопроводить в последний путь своего деда-рыбака. Он был единственным родным человеком для Андрея, и вот его не стало. Андрея помнят многие жители, ведь в своё время он работал в местном УМВД. Он работал в полиции, но в силу специфики службы ему приходилось взаимодействовать и с теми, кого он пытался упорно упрятать за решётку. После общения с парой таких знакомых опер начинает подумывать о том, что смерть родственника могла быть не случайной.

Действие сериала развивается в Новоадмиралтейском районе Санкт-Петербурга. К началу сериала криминальная обстановка в районе оставляет желать лучшего. В крупном торговом центре предотвращен теракт – случайно оказавшемуся на месте бывшему полковнику МВД Игнатьеву удалось отогнать в безлюдное место автомобиль, начиненный взрывчаткой. Жертв нет, однако сам Игнатьев не успевает выскочить из автомобиля и погибает от взрыва. Для ФСБ и особенно для друга погибшего Игнатьева - майора Девятова, делом чести является раскрытие преступления, произошедшего в самом криминогенном районе города - Новоадмиралтейском. Руководство местного полицейского управления явно попустительствует и, очевидно, по уши погрязло в коррупции. Чтобы доказать это, генералу МВД Рубцову приходится набрать команду новых, не замешанных в коррупции, оперов. Совместно они разрабатывают спецоперацию по изобличению руководства УМВД Новоадмиралтейского района, после чего новоявленные Адмиралы района соглашаются продолжить работу по чистке «авгиевых конюшен» - наследия предыдущего руководства.

Близкие люди часто не понимают друг друга, и это приводит порой к довольно плачевным для сторон последствиям. Проект «Секреты» от ТВ3 поможет взглянуть на одну и ту же проблему с разных сторон. Родители и дети, друзья, партнёры и супружеские пары. Так Константин после смерти жены с головой ушел в работу и недостаточно уделял внимания своей дочери Нике и они отдалились друг от друга. Девочке уже 16 лет и у неё уже совсем не детские секреты. Однажды Костя узнает, что она часто прогуливает школу, и находит тест на беременность. А ещё выясняется, что его партнёр по бизнесу и лучший друг Игнат втайне от него встречался с Никой. Но это только одна сторона монеты, а как же всё обстоит со стороны школьницы может удивить всех.

Молодая пара узнаёт, что строительная компания, в которой они работают, предоставляет жильё матерям-одиночкам. Они разводятся, чтобы супруга Степана Катерина могла попасть в эту категорию — после чего им приходится ценой невероятных усилий изображать перед окружающими, что их фиктивный развод на самом деле реален.

1826 год, Санкт-Петербург. После подавления выступлений на Сенатской площади, следственная комиссия начинает поиск участников восстания декабристов. Некоторые из них попадаются властям из-за доносчиков. Неожиданно в Петербурге происходит серия жестоких убийств: жертвами становятся те, кто донесли на декабристов. Возле тел убитых неизменно остаётся листок со строками из стихотворения молодого поэта Александра Пушкина. За расследование дела берутся московский сыщик и освобождённый из под ареста дворянин Александр Бошняк.