Фильм повествует об альтернативной вселенной, где в начале XXI века для строительных работ использовались огромные роботы, названные Лаборами. Обладая большой мощью, эти роботы использовались не только в благих целях, но и для осуществления террористических актов. В противодействие организованной преступности в токийской полиции был сформирован специальный отряд мгновенного реагирования Патрулирующих Лаборов, известных как «Патлаборы».

Другой мир, другое время. Теневая организация готовит запуск «Евангелиона» под кодовым названием Unit Null. Однако в процессе активации робот выходит из-под контроля и начинает уничтожать всё на своём пути.