Премия «Золотой орел» была учреждена 4 марта 2002 года на учредительном собрании Национальной академии кинематографических искусств и наук (президент Академии — В. Н. Наумов). 24 сентября 2002 года было принято решение о том, что основная церемония вручения кинопремии «Золотой орел», назначенная на 27 сентября 2002 года должна быть отменена в связи с трагическими событиями в Северной Осетии, когда Сергей Бодров и его съемочная группа погибли при сходе ледника в Кармадонском ущелье. По этой причине первая церемония награждения состоялась лишь 25 января 2003 года. Фигурка приза «Золотой орел» изготовлена из позолоченной бронзы и помещена на яшмовый постамент. Ее автор - скульптор Виктор Митрошин. Правом на выдвижение фильма или работы в фильме для участия в конкурсе на соискание премии обладают: действительные члены киноакадемии, профессиональные кинематографические гильдии, Комитет СК РФ по документальному и научно-популярному кино.
Конкурс на соискание премии «Золотой орел» по всем номинациям проводится в два тура. Победителем считается номинант, набравший большинство голосов членов секции, принявших участие в голосовании. Подсчет результатов голосования второго тура проводит счетная комиссия, формируемая из независимых экспертов с участием должностного лица киноакадемии, которое является секретарем счетной комиссии по должности.