После окончания очередной мировой войны наука сделала невероятные шаги - теперь каждый человек может продлевать свою жизнь с помощью кибернетических частей тела. Все жители планеты связаны в общую сеть под названием Призраки, и широко распространились кибератаки на отдельных людей с целью кражи их памяти и тел. После убийства премьер-министра Японии майор Мотоко Кусанаги и её Девятый отдел выходят на след киберпреступников.

1941 год. Во Франции правит Наполеон VI и паровые технологии, потому что уже на протяжении многих лет во всём мире пропадают выдающиеся учёные, и электричество так и не было открыто. Когда Аврил была маленькой, её родители пытались получить эликсир бессмертия, но тоже исчезли таинственным образом. От семьи у девушки остался только говорящий кот, и с тех пор она пытается воссоздать тот эликсир. Ей предстоит преодолеть множество опасностей в незнакомом мире, а также ответить на вопрос: «Кто десятилетиями похищает учёных и с какой целью?»

С юго-западной части Японии на северо-восточную надвигается сильный тайфун, а школьники, несмотря на приближающуюся бурю, самозабвенно готовятся к культурному фестивалю. Мирную атмосферу предпраздничных хлопот несколько нарушает только драка между двумя лучшими друзьями: Сайджо бурно отреагировал на намерение Азумы бросить бейсбольный клуб и нежелание хоть как-то обсуждать с ним это решение. Впрочем, сверстники пожимают в их сторону плечами, а учителя – растаскивают, проводят воспитательную беседу и вздыхают: ребятам нужно учиться самим решать свои проблемы. Настоящее же потрясение школьников ждет вечером, когда разыгравшийся не на шутку тайфун мешает транспортному сообщению, и ребятам вместе с учителями приходится ночевать прямо в здании школы. Но для Азумы это далеко не главное событие вечера: за окном он уже не в первый раз видит странную девочку и, увидев, что она попала в беду, бежит на помощь. Так начинается удивительная ночь, в ходе которой он умудрится спасти школу, а то и весь мир, и, может быть, снова найти общий язык с лучшим другом.