Эта история возвращает игроков к началу войны между людьми и Ковенантами и подводит к событиям, происходящим в игре Halo 4. В стенах военной академии Космического Командования Объединённых Наций (UNSC) группу курсантов знатного происхождения готовят стать следующим поколением солдат в надвигающейся войне между UNCS и повстанцами на колониальных планетах. Один из кадетов, Томас Ласки, ведет внутреннюю борьбу, преодолевая сомнения по поводу войны и опасения не оправдать высоких ожиданий командования. К тому моменту, как Ласки смирился со своей ролью будущего командира, ужасающее войско альянса Ковенант вторгается на планету и переворачивает привычный мир героя с ног на голову. Вдохновлённый подвигами Мастера Чифа, Ласки должен на собственном опыте узнать, что значит быть героем.

Когда Никита была крайне проблемным тинейджером, от смерти её спасло секретное агентство США, известное как Подразделение, которое подстроило её казнь и убедило, что ей дали второй шанс начать новую жизнь и возможность послужить своей стране. Однако ей не сказали, что её тренировали как шпионку и убийцу. В конце концов Никиту предали и все её мечты были разрушены людьми, которым, как она думала, можно было доверять.