Злобные Десептиконы появились в Детройте. С помощью Великой Искры Мегатрон может обратить всех роботов Земли в Десептиконов. Но на Землю также прибывают и Оптимус Прайм с Автоботами, они планируют остановить Мегатрона и помешать его коварным планам.

Япония, середина XIX века. Конец многовековой изоляции, период бурь и потрясений, последние годы сегуната Токугава. Столкновение западного опыта и восточной мудрости взволновало умы и привело к рождению новых идей — порою весьма опасных. Это в полной мере испытал на себе Кодо Юкимура — известный целитель, прошедший обучение у голландских специалистов. После очередного приглашения в столицу доктор Юкимура таинственно исчез. Его дочь Тидзуру, не в силах вынести неизвестность, переоделась юным самураем, взяла фамильный меч-кодати и отправилась в Киото на поиски отца.