Эта история возвращает игроков к началу войны между людьми и Ковенантами и подводит к событиям, происходящим в игре Halo 4. В стенах военной академии Космического Командования Объединённых Наций (UNSC) группу курсантов знатного происхождения готовят стать следующим поколением солдат в надвигающейся войне между UNCS и повстанцами на колониальных планетах. Один из кадетов, Томас Ласки, ведет внутреннюю борьбу, преодолевая сомнения по поводу войны и опасения не оправдать высоких ожиданий командования. К тому моменту, как Ласки смирился со своей ролью будущего командира, ужасающее войско альянса Ковенант вторгается на планету и переворачивает привычный мир героя с ног на голову. Вдохновлённый подвигами Мастера Чифа, Ласки должен на собственном опыте узнать, что значит быть героем.

По запросу Интерпола, инициированному китайскими правоохранительными органами, в Петербурге задержан находящийся там на нелегальном положении Сиддик-ходжа, лидер националистов и один из руководителей террористической организации. Одновременно в Турции происходит покушение на Синдбада, который тихо живет в приморской деревушке, зарабатывая на жизнь ловлей рыбы. К нему в больницу приходит Смит, который сообщает, что покушение — это дело адвоката Раббани. К тому же, Раббани в Петербурге координирует действия по освобождению мусульманского муфтия. Смит предлагает оправить Синдбада в Питер для устранения Раббани.