В ходе события, произошедшего по вине Хита Осло, была рассекречена американо-японская антитеррористическая организация CIRS. Но, тем не менее, её полномочия и функции удалось сохранить, создав новое агентство, которое получило название SORD (англ. Social Ops, Research & Development). Эта организация начала заниматься подготовкой специалистов нового поколения для защиты страны от будущих угроз. И чтобы добиться этого по всей стране, были созданы несколько школ. После внезапного закрытия Академия Михама получила второй шанс, став одной из подобных школ для тренировки оперативников. Теперь она стала домом для разных групп студентов, которые работают изо дня в день, дабы отточить свои необычные навыки и подняться на новый уровень. Михама теперь доверяет девочкам-неудачницам, посещающим академию с оружием и боевыми патронами. Не обращая внимания на собственную безопасность, эти студенты снова и снова погружаются в опасные внесудебные миссии — всё ради блага государства. Какое будущее ждёт этих девушек, которые сами выбрали путь пистолета?

Неизвестный злоумышленник покушается на губернатора Токио во время предвыборной компании на открытии новой линии метрополитена. Варианты кому мог бы насолить удачливый градоначальник оказываются не так велики. "След" преступника ведет в неприметную деревеньку рядом с дамбой, а в расследование оказываются втянуты давние школьные друзья. В этот раз дело осложняется тем, что преступление не одно, и коварные планы истинного преступника в очередной раз могут "зацепить" близких людей Эдогавы Конан-куна