Любознательная рыбка по имени Поньо, живущая в волшебном подводном мире, уплыв от своей стаи, попадает в сеть корабля, чистящего море от мусора. Оказавшись в стеклянной банке и чудом вырвавшись из сети, рыбку выбрасывает к берегу, где маленький мальчик Сооскэ спасает Поньо от гибели и забирает ее с собой. Живя в небольшом ведерке, рыбка, с большим интересом познает сухопутный мир и привязывается к мальчику. Но однажды, владыка морского мира, разыскав Поньо, забирает ее назад в глубинное царство. Поньо, не представляя жизни без мальчика, решает стать человеком и вернуться к нему в образе маленькой девочки…

Юноша хотел защитить девушку. Таково было его желание. Через десять лет после Войны за Святой Грааль — битвы между Мастерами и Слугами за святой сосуд, исполняющий желания — в городе Фуюки вот-вот начнётся новая война. Сиро Эмия, приёмный сын участника предыдущей Войны Кирицугу Эмии, решает вступить в сражение и исполнить последнее желание своего отца. Сакура Мато влюблена в Сиро и всегда рядом с ним. Каждый день она приходит к нему домой, готовя еду и привнося тепло в жизнь одинокого юноши. Однако с началом новой Войны за Святой Грааль всё меняется. По Фуюки прокатывается волна убийств, и над городом сгущается зловещая тень. Сиро решает приютить Сакуру у себя дома. Призвав Слугу Сэйбер, он объединяется с магичкой по имени Рин Тосака и принимает вызов. Незримые игроки начинают секретные манёвры, и вскоре Война за Святой Грааль выходит из-под контроля.