Действие аниме происходит в мире весьма похожем на средневековую феодальную Японию. На территории страны в тайных местах скрыто несколько соперничающих школ-деревень, где готовят ниндзя/синоби. Главный герой - колоритный и зажигательный парень по имени Наруто Узумаки (Naruto Uzumaki). Он живет в одной из таких деревень. Когда он был маленьким, на деревню напал могучий демон - девятихвостый лис. Демона сумели победить, но его силу пришлось запечатать в ребенке, в Наруто. С тех пор между Наруто, чьи родители погибли во время схватки, и остальными жителями деревни пролегла тень отчуждения и страха. Его стали бояться и избегать, и только несколько человек относятся к нему хорошо. Разумеется Наруто не устраивает такое положение дел. С этого и начинается его путь, путь ниндзя, желающего стать сильнейшим из всех Хокаге (лучших ниндзя деревни) и тем самым добиться всеобщего признания.....

Мегаполис Джудо – это огромный искусственный город, окружённый морем и населённый двадцатью пятью миллионами самых разных людей. Кроме обычных горожан, погружённых в повседневные заботы, здесь в избытке встречаются преступники всевозможных мастей и привычек – контрабандисты, маньяки, преступники-вервольфы и мафиози-вампиры. За соблюдением порядка следит не только полиция, но также бюро охраны общественного порядка, возглавляемое талантливым Сюном Авророй. И есть у этого бюро специальный отдел, о существовании которого знают немногие. Работает там младший брат Сюна – Дайскэ, помогает ему андроид Джей, а за порядком следит ответственная Кьёко, ежедневно распекающая своих коллег за безалаберность.

«Майор» Мотоко Кусанаги, Бато и другие сотрудники секретного Девятого отдела разрешают международный кризис с заложниками, ведут охоту на самовольно покинувший полигон шагающий танк и расследуют серию самоубийств андроидов устаревшей модели. Когда погибает старый друг Тогусы, оперативники выходят на след загадочного хакера по кличке «Смеющийся человек»