У Сюити Нитори плавные черты лица и женственная фигура, из-за которых его часто принимают за девочку, да он и сам был бы не против ею родиться. А Ёсино Такацуки, высокая красивая девушка, коротко стрижётся, носит бесформенную одежду и мечтает стать мальчиком. Они быстро подружились, испытывая одинаковые чувства, и объединились в преодолении одних и тех же препятствий на своём пути. Но с главной проблемой — общественным мнением — им бороться не под силу. Однажды Нитори приходит в школу в женском платье и тут же становится поднятым на смех своими одноклассниками. Он перестаёт ходить в школу и замыкается в себе, и, страшно подумать, что ещё он мог бы сотворить с собой, если бы не поддержка его верных друзей. Они прекрасно понимают его чувства и принимают его таким, какой он есть, ведь они точно такие же... и вместе они всё преодолеют.

Сюжет рассказывает о приключениях юноши по имени Клейн. После бесследной пропажи близкой подруги Фуринэ, чтобы найти её он отправляется в некую Систему Фрактала, которая готова вот-вот разрушиться и которая, по его мнению, даст ответы на интересующие его вопросы.