Каньоны юго-запада Америки. В окрестности возвращается обладающее магией зло. Спасая от него местных животных, легендарные «громовые птицы» помогают им добраться до «тайного прохода» к мифическому убежищу…

Юноша хотел защитить девушку. Таково было его желание. Через десять лет после Войны за Святой Грааль — битвы между Мастерами и Слугами за святой сосуд, исполняющий желания — в городе Фуюки вот-вот начнётся новая война. Сиро Эмия, приёмный сын участника предыдущей Войны Кирицугу Эмии, решает вступить в сражение и исполнить последнее желание своего отца. Сакура Мато влюблена в Сиро и всегда рядом с ним. Каждый день она приходит к нему домой, готовя еду и привнося тепло в жизнь одинокого юноши. Однако с началом новой Войны за Святой Грааль всё меняется. По Фуюки прокатывается волна убийств, и над городом сгущается зловещая тень. Сиро решает приютить Сакуру у себя дома. Призвав Слугу Сэйбер, он объединяется с магичкой по имени Рин Тосака и принимает вызов. Незримые игроки начинают секретные манёвры, и вскоре Война за Святой Грааль выходит из-под контроля.

Династия Тан подходит к своему логическому завершению, но перед тем, как полностью растворится и стать лишь отметкой в истории, народный правитель решает отдать приказ всем солдатам своего королевства – поймать всех змей, которые только возможно найти и убить их. Белая королевская змея, обитающая в прибрежных лесах, узнает об этом и отправляется в путешествие, чтобы убить управителя и отомстить за своих собратьев и сестер. По дороге она попадает в засаду и теряет память, но ее удается спасти одному бедному парню, которого арестовали за воровство. В облике обычной девушки она предстала перед ним и между ними вспыхнули чувства. Он пообещал помочь ей, вспомнить все, и они отправились в путешествие.