Первый полнометражный мультфильм из серии БЭТМЭН БУДУЩЕГО. И старому, и молодому Бэтмэнам не до смеха: самый опасный преступник всех времен возвращается из прошлого, чтобы мстить молодому Бэтмэну, Брюсу Уэйну и всему Готэму. Подлый, смертельно опасный, и, похоже, бессмертный Король Преступного мира возвращается, чтобы сеять зло и разрушение. Пытаясь разгадать тайну Джокера, молодой Бэтмэн, Терри МакГиннис, открывает величайший секрет старого Бэтмэна: он узнает, что на самом деле случилось в ночь его последней смертельной схватки с Джокером! Когда Брюс Вэйн практически уничтожен Джокером, Терри клянется отомстить за своего наставника.

Знаменитый вор Кайто Кид заявляет, что в ближайшее время он собирается украсть особый меч, который хранится в додзё семьи Минэ. Детектив Конан Эдогава, Когоро Мори и остальная команда прибывают на место, где встречают Яибу Куроганэ. Вместе они готовятся помешать Киду осуществить задуманное, но Конан начинает подозревать, что здесь что-то не так.