Действие аниме-сериала происходит в 1864 году, за несколько лет до Реставрации Мэйдзи. После того, как их родители были убиты, два брата Тэцуносукэ и Тацуносукэ Итимура вступают в Синсэнгуми, самурайский полк, созданный для охраны порядка в Киото и поддержки Ёсинобу Токугава, последнего сёгуна в истории Японии. В отличие от старшего брата, Тэцу Итимура продолжает думать о мести и мечтает стать сильным. Но ему только 15 лет, и в Синсэнгуми он всего лишь слуга. Его выводит из себя отношение окружающих, однако со временем он начинает сомневаться в том, что должен стать таким же жестоким и хладнокровным убийцей, как самураи Синсэнгуми.

В двадцатом веке случилась чудовищная война. Люди сражались с монстрами. И проиграли. Но люди так уж устроены, что проигрыши помнят хуже побед. Человечество забыло о войне, забыло о поражении, забыло о монстрах. Жизнь продолжается: дети ходят в школу, взрослые работают, бродяги спят в парках. А монстры незаметно собирают дань и людоедствуют. Юный Бокка готовится к пересдаче. Он не очень хороший ученик и вообще много чего не понимает в этой жизни. Бокке кажется, что монстры все-таки существуют, и что именно они съели его друга Кая, объявленного без вести пропавшим. Он подозревает, что взяточничество и коррупция взрослых имеют еще какие-то причины, кроме очевидных. И вот, в один прекрасный... или нет – в один ужасный вечер Бокка получает подтверждение всех своих догадок. Монстры существуют. Война продолжается. А для воинов Мероса звучит таинственная Мелодия Забвения...