Мир был близок к уничтожению Великим Отчаянием, которое послужило причиной “Величайшего, Ужаснейшего, и Трагического События во всей Истории Человечества”. Чтобы не дать миру погрузиться в пучину хаоса, был создан специальный Фонд Будущего. Пока организация продолжает неустанно трудиться, чтобы восстановить прежний мир, Макото Наэги обвиняется в предательстве и защите Осколка Отчаяния. Члены Фонда Будущего решают собраться для того, чтобы провести над ним суд, но они попадают в ловушку Монокумы, который подстерегал их на месте встречи. Он предлагает им начать “Последние Убийства”. На их запястьях закреплены странные браслеты, а в какой-то момент им выдаются транквилизаторы. Мало того, оказывается, что в их команде присутствует настоящий предатель, который намеревается убить всех членов Фонда Будущего. В этой игре, где нет никакого школьного суда, единственный путь устранения предателя очевиден, “найти и обезвредить”. Наэги оказывается втянут в смертельную игру на выживание, в которой либо убиваешь ты, либо убивают тебя. Последняя глава истории, в которой в бою сталкиваются надежды, началась.