Мультсериал описывает приключения юного динозавра Бадди. На удивительном поезде динозавров он отправляется в межвременное путешествие, чтобы исследовать древний мир и познакомиться с другими видами этих замечательных животных. Действие происходит в фантастическом мире джунглей, океанов и активных вулканов. Удивительный поезд динозавров путешествует во времени по мезозойской эре — на земле и даже под водой. Пассажиры этого чудесного транспортного средства — динозавры разных видов, а за порядком в нем следит строгий и всезнающий Кондуктор. Мир динозавров описывается глазами тиранозавра Бадди, который был усыновлен семейством летающих птеранодонов и воспитывался вместе с их детьми-близнецами. Бадди увлечен изучением динозавров, он сравнивает себя с членами своей приёмной семьи и намерен изучить все виды существующих динозавров.