Под окнами детективного агентства Мори взрывается автомобиль, а неизвестный преступник требует по телефону от знаменитого детектива расшифровать код, в противном случае взорвется ещё одна бомба и будет множество жертв. Что делать и как быть с коварными замыслами преступника? На это предстоит найти ответ Эдогава Конану и не забыть поболеть за любимую команду в футбольном матче японской лиги.

Конан и компания во время летних каникул отправляются в токийскую телевизионную башню "Небесное дерево", но на их глазах снайпер убивает человека. Неужели это проделки "Организации" или таки просто рядовое дело? Все окончательно запутывается, когда в погоню за преступником включаются Сера Масуми, Окия Субару и ФБР, а преступник продолжает убивать людей, среди которых есть и подозреваемые...

Разгадав усилиями Конана головоломку из "Ежедневной газеты", Мори Когоро с Ран, Соноко и Молодыми Детективами отправляется отдыхать на тропический остров. Казалось бы их ждет солнце, пляж и безмятежный отдых от детективных дел, но судьба злодейка преподносит очередной сюрприз, очередную загадку бог весть из насколько далекого прошлого. Героям предстоит пройти множество испытаний, поймать преступников и пролить свет на тайну пиратского клада, чтобы в конце узнать, что за сокровище на самом деле было оставлено Анной Бонни для Мари Рид.

Сюжет данного произведения, рассказывает нам о том, как парень по имени Конан вместе с семьей Мори и Юными Сыщиками по приглашению Сузуки Соноко, отправляются в превосходное плавание на большом круизном лайнере «Афродита», который был построен корпорацией «Ясиро Групп». Но, к большому сожалению, на борту корабля происходит несколько убийств - кто-то явно нацелился на руководителей корпорации. Как связаны данные убийства с великим кораблекрушением, которое произошло аж пятнадцать лет тому назад? И почему нападению подверглась именно Сонока? Наконец, удастся ли Конану со своими товарищами благополучно покинуть этот злополучный корабль невредимыми? Ведь он явно напоминает таинственную и смертоносную ловушку. В общем, все это и многое другое, мы узнаем, при просмотре данной картины.