Сюжет «Пингвинов Мадагаскара» строится вокруг самопровозглашенных коммандос Ковальски, Шкипера, Рико и Рядового, выполняющих ежедневные сверхсекретные операции на территории нью-йоркского зоопарка.

На дворе стояло промозглое зимнее утро. Самый обыкновенный старшеклассник Кён проводил утренние процедуры без каких-либо отклонений от нормы. Будильник был все таким же наглым и бессердечным, лицо в зеркале над раковиной отнюдь не лучилось бодростью и весельем, а возвышенность, на которой располагалась школа, по-прежнему хладнокровно испытывала школьников на выносливость. И все же что-то в тот день было не так: странности начались с обмолвки Танигути о вещах, весьма озадачивших Кёна... Впрочем, наш герой с легкостью списал недоразумение на тараканов в голове давнего приятеля, коих по обыкновению водилось у него немало. Но самое интересное ждало его впереди. Придя в школу, юный ворчун с удивлением обнаружил на месте Харухи Судзумии... Рёко Асакуру. О том, что еще вчера с ними училась совсем другая барышня, помнил, конечно, только главный герой. Да, вы все правильно поняли: главным событием того памятного дня стала пропажа юной богини… Чем закончилась вся эта жутко таинственная история, узнаете сами, посмотрев новое творение Kyoto Animation!