Коты - Самураи это истории о приключениях тройки неразлучных друзей, Спиди, Гуидо и Полли. Во главе с полковником Эл`Данте и их координатором Франсин они защищают Маленький Токио и его жителей от козней Сырной Головы и его приспешников, который насылает роботов чтобы победить и уничтожить котов - самураев, а также захватить власть в свои руки и свергнуть императора Фреда и его дочь, принцессу Вай, которая фактически и управляет Маленьким Токио после того как императору удалили "зуб мудрости" и он сошёл с ума и не говорит ничего кроме своего имени. Но наши храбрые герои не дадут спуску врагу, и всегда защитят город и его жителей от надвигающейся беды и всегда побеждают врагов, чтобы жизнь в Маленьком Токио была спокойной и безопасной. А в свободное от ратных дел время наши друзья работают в пиццерии.

Куроицу, девушка с необычными увлечениями, работает на тайное общество «Агастья». Её задача — создавать разнообразных монстров, чудовищ и мутантов, чтобы однажды «Агастья» захватило мир. Правда, первым делом надо одолеть назойливого героя Блейдера. Начальник Куроицу — профессор Садамаки. Вдвоём они придумывают концепты и претворяют в жизнь жутчайшие порождения человеческой мысли. А ещё борются с дедлайнами, недостатком финансирования и безжалостными сверхурочными.

В детстве Микото Сиратори подавал большие надежды в бадминтоне, но своим потенциалом так и не воспользовался. Теперь он играет за команду банка, в котором работает, и мечтает уйти из парной игры в одиночную. Потеряв работу в банке из-за плохих результатов по бадминтону, он вынужден присоединиться к спортивной команде компании Sunlight Beverage. Постепенно узнавая партнёров по команде, Микото вновь обретает вкус к спорту.