В будущем свое место среди достижений инновационных технологий займет недоработанная система «Кизуна» (яп. 絆 — «связь»). Смысл ее в том, что, если человек, в которого вживлен «Кизуна»-чип, получает ранение, другие люди с такими же чипами оказываются ранены идентичным образом. В буквальном смысле связывая людей через раны, создатели системы хотят достичь мира во всем мире. Людей-обладателей чипа «Кизуна» называют кизнайверами. События аниме развиваются в вымышленном японском городе Сугомори-Сити. Город этот непростой, а возведенный на мелиорированных землях, и население которого стремительно сокращается. Недавно переведенная в новую школу Норико Сонозаки сообщает своему однокласснику, Кацухире Агате, что планы на его летние каникулы немного подкорректировали — он избран в качестве кизнайвера. С этих пор юноша будет связан с одноклассниками-кизнайверами. Но есть одна проблема: все они ведут непредсказуемый образ жизни, что в корне не устраивает нелюдимого Кацухиру.

Научные достижения позволили человеку досконально изучить генный уровень и научиться его доводить до совершенства. У тех, на ком ставили опыты, появлялись на свет умные дети, обладающие высокими физическими показателями, более сильные, ловкие. Но у других людей они начали вызывать зависть, ведь общество не терпит, когда кто –то отличается от большинства. Между людьми с усовершенствованными генами – Координаторами и Натуралами – обычными людьми, которых генами наделила сама природа, начинается противостояние. Юноша Кира Ямато оказался вовлеченным в эту войну, он пытается спасти себя и своих приятелей, он не занимает ничьей стороны, он намерен помочь выжить тем, кого любит и ценит, и ему все равно будь тот человек Координатор, или же Натурал. Противостояние кажется ему совершенно не нужным, а жертвы бессмысленными, и Кира намерен положить конец этой войне…