Годы спустя после происшествий в первом фильме, местоположение Савы загадка. В это время, слухи о новом убийце распространяются по городу. Они зовут её "Ангелом Смерти", бесчувственный наёмник уничтожающий свои цели с элегантностью и точностью, оставляющую только букет перьев в качестве своей карточки. Что публика не знает, так это то, что этот безжалостный убийца в действительности вежливая молодая леди по имени Монака. Как и её духовный предшественник, Монака потеряла большую часть своей семьи, и отцовская работа астронавта держит её практически отчуждым от мира. Как бы-то ни было, они очень близки несмотря на расстояние и Орудо пообещал своей дочке, что он вернётся. До этого времени, дневная жизнь робкой и неуклюжей Монаки втягивает большую часть её школы и её временной работы официанткой, но её натура абсолютно меняется, когда она получает заказ.

Несколько лет назад девочка Сава лишилась родителей. Её опекуном становится бескомпромиссный и циничный полицейский Акаи. Но у него есть на то свои корыстные цели: он воспитывает элиту наемных убийц, очищающих общество от мрази, перед которой закон и правосудие бессильны.

В соответствии с доктринами «Теории судного дня от причуд» идеологическая группа Хьюмарайз убеждена, что все люди с причудами больны и должны быть уничтожены. Чтобы перестроить мир, экстремисты группы создали смертоносное устройство, известное как «Взрывная бомба», которое заставляет людей с причудами терять над собой контроль и умирать. Лидер преступной организации, Флект Тёрн, вынужден постоянно прятаться от захвата профессиональными героями, расположенными по всему миру. В то же время, в Японии Изуку Мидория обвиняется в преступлении, которого он не совершал. Непреднамеренно вовлекая Роди Соула, местного жителя в эту историю, Мидория вскоре оказывается в бегах вместе с мальчиком. Теперь дело за Роди, Мидорией и его одноклассниками, чтобы остановить заговор зловещей организации.