В альтернативной истории, в 1889 году, Брюс Уэйн возвращается в Готэм из своего путешествия по Европе. Город викторианской эпохи всё так же привлекает преступников. Череда загадочных и зверских убийств заставляет жителей подозревать, что убийца — Бэтмен. Тёмному Рыцарю бросает вызов самый известный маньяк XIX века — Джек-потрошитель.

Бэтмен объединяется с бандой Скуби Ду, когда злодеи из обоих миров, задумали нанести ущерб городу.

Сотрудник организации по борьбе с биотерроризмом B.S.A.A. Крис Редфилд проникает в таинственный особняк, который, согласно информации, является базой контрабандистов оружием. В ходе расследования Крис сталкивается с Гленом Ариасом, преступником объявленным в международный розыск, и становится свидетелем странной картины, в результате которой упускает Ариаса.

Главные герои отправляются в уникальное место под названием «Сумасшедшее Ранчо Q-Чуваков». Место выбрано неслучайно, ведь оно когда-то принадлежало кузену Шэгги, пропавшему без вести. Скуби-ду и команда хотят узнать, что же произошло с Тони на самом деле. Оказавшись на месте, они встречают местных жителей, которые, пугаясь Шэгги, разбегаются в разные стороны, путая его с призраком.

Мир был близок к уничтожению Великим Отчаянием, которое послужило причиной “Величайшего, Ужаснейшего, и Трагического События во всей Истории Человечества”. Чтобы не дать миру погрузиться в пучину хаоса, был создан специальный Фонд Будущего. Пока организация продолжает неустанно трудиться, чтобы восстановить прежний мир, Макото Наэги обвиняется в предательстве и защите Осколка Отчаяния. Члены Фонда Будущего решают собраться для того, чтобы провести над ним суд, но они попадают в ловушку Монокумы, который подстерегал их на месте встречи. Он предлагает им начать “Последние Убийства”. На их запястьях закреплены странные браслеты, а в какой-то момент им выдаются транквилизаторы. Мало того, оказывается, что в их команде присутствует настоящий предатель, который намеревается убить всех членов Фонда Будущего. В этой игре, где нет никакого школьного суда, единственный путь устранения предателя очевиден, “найти и обезвредить”. Наэги оказывается втянут в смертельную игру на выживание, в которой либо убиваешь ты, либо убивают тебя. Последняя глава истории, в которой в бою сталкиваются надежды, началась.