Сюжет фильма разворачивается в Сингапуре, впервые за пределами Японии, в знаменитом отеле Marina Bay Sands, ставшим местом убийства. Речь в фильме пойдёт о большом драгоценном камне, известном как «голубой сапфир», который в конце 19 века бесследно исчез на дне океана. И в тот момент, когда пропавшую реликвию находят, Макото Кёгоку, непобедимый мастер каратэ с 400 победами, становится свидетелем её воровства маленьким ребёнком. А тем временем Кайто Кид привозит Конана в Сингапур против его воли

В ходе события, произошедшего по вине Хита Осло, была рассекречена американо-японская антитеррористическая организация CIRS. Но, тем не менее, её полномочия и функции удалось сохранить, создав новое агентство, которое получило название SORD (англ. Social Ops, Research & Development). Эта организация начала заниматься подготовкой специалистов нового поколения для защиты страны от будущих угроз. И чтобы добиться этого по всей стране, были созданы несколько школ. После внезапного закрытия Академия Михама получила второй шанс, став одной из подобных школ для тренировки оперативников. Теперь она стала домом для разных групп студентов, которые работают изо дня в день, дабы отточить свои необычные навыки и подняться на новый уровень. Михама теперь доверяет девочкам-неудачницам, посещающим академию с оружием и боевыми патронами. Не обращая внимания на собственную безопасность, эти студенты снова и снова погружаются в опасные внесудебные миссии — всё ради блага государства. Какое будущее ждёт этих девушек, которые сами выбрали путь пистолета?

1926 год. 203-й магический батальон Имперской армии во главе с майором Таней Дегуршаф, возвращаются на родину после окончания успешной кампании по разгрому остатков армии Республики на Южном континенте. Однако ожидаемого празднования успешного завершения миссии не случилось. В штаб поступает сообщение о массовой мобилизации вблизи границы с Российской Федерацией — солдатам Империи пора готовиться к новым сражениям.В это же время многонациональная армия Союзного Королевства нарушает территориальную целостность Российской Федерации. Враг моего врага — мой друг. Вот только Таня ещё не знает, что одним из солдат Союзного Королевства является Мэри Сью, поклявшаяся отомстить Империи за смерть своего отца...

Токио, главный герой Саеба Рё все так же меток в стрельбе и опасен в борьбе. Моккори - по прежнему его девиз. Свою профессию, Рё классифицирует как “sweeper” что в вольном переводе означает, что- то вроде чистильщика. Чистильщик, потому что Рё очень сильно любит свой город, и поэтому он будет делать все, что в его силах, чтобы хоть немного убрать грязь с его улиц (под грязью подразумеваются коррумпированные чиновники, продажные полицейские, наркоторговцы и т.п.). Перечень работ чистильщика очень широк, от охраны клиента и сбора информации, вплоть до убийства. Действие нового фильма развернется в современном Синдзюку.