Единственные жители небольшой деревушки, которые верят в старинные легенды и предания о драконах, — это эксцентричный старик и его внучка-мечтательница Мелоди. Когда голубые цветы, которые росли по всей деревне, начинают исчезать, герои понимают, что это знак надвигающейся опасности... Но им никто не верит! Мелоди должна убедить в этом своего взбалмошного друга Лифа и других деревенских обитателей, пока не стало слишком поздно.

После событий оригинальной игры девушка-сирота Хинако Накаяма неожиданно воссоединилась со своим братом-близнецом, Хикару. Он просит ее занять его место в академии «Львиный Рык», частной школе для парней. О ней ходит дурная молва из-за жестокого учсовета, установившего свою диктатуру. Хикару принадлежит к влиятельному клану якудза, и он обязан стать лидером академии «Львиный Рык». Хинако придется скрывать, кто она на самом деле, и сражаться за власть над школой. Как же Хинако справится с красавцами, которые предпочитают орудовать кулаками, а не выражать свои чувства?

Конан и Ран решают навестить в Осаке Хэйдзи и Кадзуху. Во время прогулки по городу они встречают детей, которые ищут своего пропавшего друга.

Мати Лудаш (или Гусиный Мати) - герой венгерских сказок, задорный, никогда не унывающий озорной парень, который странствует по родной стране со своим неразлучным другом-гусем. Согласно народным легендам, Мати когда-то пас гусей своей матушки, но злой и жадный богач отнял птиц у бедняков, а самого Мати велел высечь. Обиженный парень не смирился с оскорблением и ловко проучил негодяя.

Мир был близок к уничтожению Великим Отчаянием, которое послужило причиной “Величайшего, Ужаснейшего, и Трагического События во всей Истории Человечества”. Чтобы не дать миру погрузиться в пучину хаоса, был создан специальный Фонд Будущего. Пока организация продолжает неустанно трудиться, чтобы восстановить прежний мир, Макото Наэги обвиняется в предательстве и защите Осколка Отчаяния. Члены Фонда Будущего решают собраться для того, чтобы провести над ним суд, но они попадают в ловушку Монокумы, который подстерегал их на месте встречи. Он предлагает им начать “Последние Убийства”. На их запястьях закреплены странные браслеты, а в какой-то момент им выдаются транквилизаторы. Мало того, оказывается, что в их команде присутствует настоящий предатель, который намеревается убить всех членов Фонда Будущего. В этой игре, где нет никакого школьного суда, единственный путь устранения предателя очевиден, “найти и обезвредить”. Наэги оказывается втянут в смертельную игру на выживание, в которой либо убиваешь ты, либо убивают тебя. Последняя глава истории, в которой в бою сталкиваются надежды, началась.

В детективное агентство Конана Эдогавы поступает звонок от шантажиста, но выясняется, что звонивший ошибся номером. Голос преступника напоминает Конану его старого друга и детектива Хэйдзи Хаттори из Осаки. Вместе они решают раскрыть это дело и найти украденный драгоценный камень, за которым также охотится известный вор Кайто Кид.