В одном из секторов виртуального мира, охватывающего всю планету, происходит сбой. Что это, атака хакеров-террористов или сбой самой программы виртуального мира? На выяснение отправляют отряд бойцов F.L.A.K. - правительственной организации борющейся с кибер-терроризмом. Но вернутся живым в реальный мир не смог ни один - тела их не выдержали нагрузки идущей из изолированного сектора кибер-мира. Тем временем, команда хакеров "Степной Волк" решает прекратить свое существование и разойтись. Для своего последнего взлома они выбирают ни много, ни мало - штаб-квартиру F.L.A.K. Миссия проваливается и Сому Тора, ас хакеров "Степного Волка", становится перед выбором - тюрьма или значок сотрудника F.L.A.K..

Какой бы великой не была цивилизация придёт время, и ей наступит конец. Это слова наших далёких предков. Через полвека Токио, крупнейший мегаполис Азии, испытал это на себе. В 1999 году произошло крупное землятресение, разорившее весь район Канто. Многие считают, что это было знамение свыше. Уцелевшие в руинах, смирившись с горем, начали отстраивать город заново. В итоге, из пепла возник созданный людьми остров, величиной 22 000 гектар. Город назвали "Трон". Его жители со временем вернулись к мирному существованию. Но они не знали всей правды о предназначении гигантского образовательного комплекса, появившегося в центре нового города.

Герои аниме, пилоты гигантских роботов, смотрят аниме о том как гигантские роботы спасают землю.