Близкое будущее, 2032 год. Техника достигла невиданного прогресса. Это мир, который люди разделяют с киборгами и роботами. Бато — детектив отдела полиции по борьбе с терроризмом. Он — живой киборг, оснащённый искусственными руками, ногами и прочими частями тела. Остался лишь его прежний мозг да память о ней, о Мотоко Кусанаги. Вместе с напарником Тогусой Бато привлечён к расследованию серии убийств роботами своих владельцев, причём все роботы относятся к экспериментальной модели секс-андроидов фирмы Locus Solus. Компания предпочла бы замять дело, отозвав роботов с рынка и договорившись с родственниками погибших. Но Бато и Тогуса — не из тех, с кем можно заключить полюбовную сделку.

В 2131 наконец-то заканчивается третья мировая война, полыхавшая на планете несколько десятилетий. В этой войне не оказалось победивших, ведь человечество было почти полностью уничтожено и война была остановлена лишь тогда, когда человечество оказалось на грани полного самоуничтожения. Центром планеты становится город Олимп, куда стекаются все выжившие в этой ужасной войне, туда же попадает бывший солдат спецназа Дюнан Нат, там она встречает своего любимого, который стал киборгом, чтобы сохранить свою жизнь.