Старшеклассник Юта Иридацу испытывает необычный опыт – «астральную проекцию», в том смысле, что его дух отделяется от тела. Он приходит в себя в особняке под названием Кораикан и знакомится с призрачной кошкой Чираноске, которая рассказывает герою, что, чтобы вернуться в тело, ему необходимо отыскать «Священную книгу Кораикана». Обыскивая помещения, Юта натыкается на нижнее бельё проживающих в особняке девушек, и это каким-то образом создаёт огромные неприятности для всей планеты Земля.

С тех пор как умерли родители Хиро, он и его сестра жили отдельно. Но как только сестра получила новую работу смотрителя жуткого старого особняка, она послала Хиро письмо с просьбой приехать и жить вместе с ней. Приехав и никого не встретив в особняке, Хиро отправляется в город, чтобы найти свою сестру. Вместо этого он сталкивается с новой хозяйкой особняка и спасает ее. К сожалению, сей героический поступок плохо отразился на его здоровье, и Хиро умирает. Однако, к счастью или, может, к несчастью, хозяйка особняка оказывается Принцессой Чудовищ и дарует Хиро вторую жизнь, но только при условии, что он станет ее слугой.

В мире, где люди и роботы живут вместе, есть купольный город с названием "Ромудо". Находящийся под абсолютным контролем, этот рай в которым нет необходимости в такой вещи как "чувства". Но этот утопический пейзаж вскоре будет нарушен серией таинственных убийств. Рил (Лил) Мэйер, женщине-следователю из Управления Гражданской Информации, поручено расследовать причины этих убийств. Проникая глубже в суть дела, она вскоре увязает в тайне "Пробуждения", которое изменит её жизнь, и жизни всех, кто живёт в Ромудо...навсегда.

В не столь далёком будущем человечество сталкивается с новой угрозой по имени «Шум», на которую никто не может найти управу - даже всемогущая (нет, будущее всё-таки далёкое) ООН. Однако японская Организация Казанари разработала некую «Систему Симфодрайв», которая доказала свою эффективность в борьбе с «Шумом». На вооружение эту систему берёт взрывающая чарты поп-группа «Цвай Винг», состоящая из двух девушек - Тсубасы Казанари и Канадэ Амо. Вместе с двумя выпускницами Lydian Music Academy - Хибики Тачибаной и Мику Кохинатой - они сражаются за будущее человечества.

Итак, дело происходит в 2027 году, год спустя после завершения «четвёртой неядерной войны». Нью Порт Сити всё ещё не оправился окончательно от последствий боевых действий, но город уже вновь начинают сотрясать взрывы самоходных бомб. Примерно в то же время оказывается застрелен военный офицер, вовлеченный в незаконную торговлю оружием. В ходе расследования всего этого Дайске Арамаки из Отдела общественной безопасности встречает киборга и хакера экстра-класса Мотоко Кусанаги, приписанную к военному 501-ому секретному подразделению. Бато, сотрудник Арамаки и человек с «глазами, которые никогда не спят», подозревает, что именно Кусанаги ответственна за теракты. Тем временем Тогуса, детектив из префектуры Ниихама, одновременно расследует два убийства: в первом случае жертву застрелили, во втором жертва была проституткой. За самой же Мотоко пристально наблюдают глава 501-ого подразделения Куруцу и агенты-киборги.