События происходят по прошествии двух лет со дня окончания воины между EAF (натуралами) и PLANT (координаторами). Итак, между ними установился шаткий мир. Но недовольные этим миром есть как с одной, так и с другой стороны. Группа таких «недовольных» координаторов приводит в движение разрушенную колонию Юниус 7 и направляет ее прямиком на Землю. Падение ее вызовет уничтожение практически всех жителей Земли. С большим трудом падающая колония была взорвана силами ZAFT, но осколки наносят большой урон поверхности Земли. Это вызывает взрыв ненависти «натуралов» к «координаторам», и при поддержке «Синего космоса» конфликт вновь разгорается… И на протяжении 50 серий герои вновь берутся за оружие, чтобы защитить тот мир, который им дорог.

79-й год Вселенского Века. Девять долгих месяцев длится изнурительная война между Земной Федерацией и Герцогством Зион. На космической колонии Грин Ноа, входящей в состав Стороны-7, группы самых удалённых от Луны колоний, учёными Федерации завершены опытные образцы новых мобильных доспехов серии Гандам. И вдруг следует внезапное нападение войск Зиона. Во время битвы пятнадцатилетний Амуро Рэй активирует один из мобильных доспехов Федерации, и с этого момента в ожесточённом бою ему предстоит защитить своих друзей с крейсера "Белая База" от бесчисленных атак солдат Зиона, пытающихся любой ценой уничтожить новое оружие землян. Имеет ли Амуро способности пилота? Сможет ли он превзойти зионского аса майора Чара Азнабля? А вдруг он и есть один из таинственных ньютайпов, о появлении которых так много говорилось?

Быстрое развитие технологий привело к созданию и распространению многоцелевой человекоподобной машины - Лэйбор. Однако сразу же возникла новая угроза обществу: лэйборпреступность. В полиции Токио при дивизионе безопасности была создана Секция 2 отдела Специального Транспорта для борьбы с этим видом преступлений. Так возник СТ-2 Патруль Лэйбор... Патлэйбор.