Юноша хотел защитить девушку. Таково было его желание. Через десять лет после Войны за Святой Грааль — битвы между Мастерами и Слугами за святой сосуд, исполняющий желания — в городе Фуюки вот-вот начнётся новая война. Сиро Эмия, приёмный сын участника предыдущей Войны Кирицугу Эмии, решает вступить в сражение и исполнить последнее желание своего отца. Сакура Мато влюблена в Сиро и всегда рядом с ним. Каждый день она приходит к нему домой, готовя еду и привнося тепло в жизнь одинокого юноши. Однако с началом новой Войны за Святой Грааль всё меняется. По Фуюки прокатывается волна убийств, и над городом сгущается зловещая тень. Сиро решает приютить Сакуру у себя дома. Призвав Слугу Сэйбер, он объединяется с магичкой по имени Рин Тосака и принимает вызов. Незримые игроки начинают секретные манёвры, и вскоре Война за Святой Грааль выходит из-под контроля.

Аканэ была милой девушкой, но сильно неуверенной в себе. Она не имела представления, что наделена каким-то талантом или качеством, что могли выделить её из толпы сверстников. Так бы она и вела скучную жизнь и не пыталась разобраться в себе, пока не встретила Гиппократа. Он был волшебником, окруженным ореолом загадочности. Произошло это знакомство в день её рождения. Также Аканэ знакомится и с помощницей волшебница Пипо. Эти незнакомые ей люди сообщают, что все вместе они обязаны взяться за спасение мира. Они уверены в том, что их слова имеют основание. Забравши Аканэ с собой, они держат путь в страну чудес.