События происходят по прошествии двух лет со дня окончания воины между EAF (натуралами) и PLANT (координаторами). Итак, между ними установился шаткий мир. Но недовольные этим миром есть как с одной, так и с другой стороны. Группа таких «недовольных» координаторов приводит в движение разрушенную колонию Юниус 7 и направляет ее прямиком на Землю. Падение ее вызовет уничтожение практически всех жителей Земли. С большим трудом падающая колония была взорвана силами ZAFT, но осколки наносят большой урон поверхности Земли. Это вызывает взрыв ненависти «натуралов» к «координаторам», и при поддержке «Синего космоса» конфликт вновь разгорается… И на протяжении 50 серий герои вновь берутся за оружие, чтобы защитить тот мир, который им дорог.

После 6 лет событий в "Лагере Меловом" участники "Шестёрки с Нублара" изо всех сил пытаются найти опору, путешествуя по миру, который теперь наполнен динозаврами и людьми, которые хотят причинить им вред. Воссоединившаяся после трагедии группа объединяется и оказывается в бегах и погружается в масштабное приключение, чтобы разгадать заговор, который угрожает как динозаврам, так и человечеству и, наконец, узнать правду о том, что случилось с одним из них... "Теория Хаоса" является продолжением сериала "Мир Юрского периода: Меловой Лагерь" и происходит в рамках событий фильмов "Парка Юрского периода" перед событиями "Мира Юрского периода: Господство".