В недалеком 2029 году сети и компьютеры развились до того, что появилась возможность создавать высокотехнологичных киборгов с полной интеграцией в Сеть. Главная героиня Кусанаги Мотоко - киборг, с человеческим разумом внутри кибернетического тела, майор Девятого отдела, созданного для спецопераций правительства. В Сети объявляется некий Кукловод, манипулирующий людьми через ту же Сеть, заставляя их действовать в его интересах. Его поимкой и занимается Девятый отдел. Но не все так просто, Кукловод оказывается разумным вирусом, разработанным "коллегами" из Шестого отдела для промышленного шпионажа и т.д., в деле оказывается замешана политика...

Всем известный хулиган Рю Ямада как-то столкнулся на лестнице с «заучкой» Урарой Сирайси – и случилось странное: ребята поменялись телами. Когда шок прошел, оба поняли, что в обмене есть свои плюсы, к тому же ради него не нужно исполнять жуткие кульбиты – достаточно просто поцеловаться. И вот хулиган с мозгом гения начал исправлять оценки, пугая учителей, а красавица-отличница с душой рубахи-парня быстро улучшила отношения с одноклассниками. Сладкую парочку вычислил местный умник Миямура – но не стал их сдавать, а наоборот прикрыл, предложив вместе восстановить забытый клуб оккультизма! Вот так главные герои познакомились с легендой о семи ведьмах – девушках со сверхъестественными способностями, что встречаются в каждом поколении учеников школы Судзаку. Кто-то из девушек, как Урара, прячет свои способности, кто-то использует к своей выгоде, не забывая, конечно, о маскировке. Ямада же – личность уникальная, ибо через поцелуй может копировать любую способность, а хозяйки дара не могут причинить ему вред. Вскоре из надежных источников пришла весть, что собрав вместе семерых ведьм, можно провести ритуал и получить в итоге нечто невероятное – а иначе зачем было клуб возрождать?!