Страшная катастрофа уничтожила мир, и только город-крепость Токио, защищенный мощным силовым полем, остался последним осколком человечества. Так считает 17-летний Аято Камино, токийский школьник, ведущий, как он считает, нормальную жизнь. Жизнь эта кончается вместе с прорывом силового поля и налетом странных истребителей, которым противостоят еще более странные боевые машины. В наступившей суматохе Аято сталкивается с молодой женщиной Харукой Сито, к которой сразу чувствует странное притяжение… Вот так судьба в образе Харуки приводит Аято к богоподобному существу по имени Ра-Зефон, таинственному гиганту, которого можно назвать роботом, а можно – инструментом настройки Вселенной. С его помощью Камино, как цыпленок, вылупляется из скорлупы незнания и начинает искать свое истинное место в мире.

Старшеклассник Хару живёт заграницей вместе со своей матерью. Однажды она даёт ему команду позаботиться и "социализировать" его сводного брата Рена - диковатого паренька, который не любит общаться с людьми. Сначала братья ведут себя как враги, но со временем сближаются и начинают понимать друг друга.