Итак, дело происходит в 2027 году, год спустя после завершения «четвёртой неядерной войны». Нью Порт Сити всё ещё не оправился окончательно от последствий боевых действий, но город уже вновь начинают сотрясать взрывы самоходных бомб. Примерно в то же время оказывается застрелен военный офицер, вовлеченный в незаконную торговлю оружием. В ходе расследования всего этого Дайске Арамаки из Отдела общественной безопасности встречает киборга и хакера экстра-класса Мотоко Кусанаги, приписанную к военному 501-ому секретному подразделению. Бато, сотрудник Арамаки и человек с «глазами, которые никогда не спят», подозревает, что именно Кусанаги ответственна за теракты. Тем временем Тогуса, детектив из префектуры Ниихама, одновременно расследует два убийства: в первом случае жертву застрелили, во втором жертва была проституткой. За самой же Мотоко пристально наблюдают глава 501-ого подразделения Куруцу и агенты-киборги.

Проблемы Юджи вроде бы закончились. Новая опекунша — снайпер спецслужб Асако Кусакабе — оказалась женщиной грубоватой, но заботливой. А несколько лет спустя и жизнь наладилась.Вот только прошлое готово напомнить о себе в самый неподходящий момент. Этот рай окрасился для Юджи в серые тона. Но пятёрка героинь готова отплатить парню за спасение, а в прошлом остались не только враги