Декабрь 2199 года, в мире, порядком потрёпанном давней войной, царит военная организация NOL, охраняющая население от различных опасностей и пережитков прошлого. Но находятся и те, кто с ними не согласен: Рагна, более известный как Бог Смерти, путешествует по миру и уничтожает городские отделения NOL один за другим, за что и получает своё прозвище, а заодно и рекордно высокую награду за свою голову. На этот раз он прибывает в очередной город, Кагуцучи, но теперь на его пути появляется множество различных охотников. Кому-то нужна баснословная награда, а кому-то - артефакт, который делает Рагну невероятно сильным: Лазурный Гримуар.

Цучимикадо Харутора обычный старшеклассник (ну а как-же еще) правда из необычной семьи, а именно из побочной ветви семьи знатных Онмёджи, ну или в простонародии шаманов. Действие данного сериала кстати происходит в мире где распространена магия, экзорцизм и прочие магические штуки. И казалось бы что он далеко как необычный старшеклассник, но все как раз именно так. Ведь Харутора не обладает никакой духовной силой, не видит духов и не чувствует духовную энергию. Так бы он жил и поживал себе беззаботной и спокойной жизнью если-бы (тоже как обычно) в этой самой беззаботной жизни не появилась его подруга детства, Цучимикадо Нацумэ (дочь и преемница главной ветви семьи Цучимикадо), которая является полной его противоположностью, талантливым гением шаманом. И казалось-бы, что ей может понадобиться от такого неудачника? Обещание. В детстве они поклялись друг другу, что вместе будут защищать свою семью.

Однажды по всему миру появляется «призрачный флот», корабли, оснащённые супер-оружием. Не имея возможности противостоять ему, человечество было вытеснено с моря. Спустя 17 лет после разрушительной морской войны Гунзо Чихайя вместе со своими друзьями умудряется каким-то образом заполучить одну из вражеских субмарин и даёт ей название I-401. Вместе с Ионой («ментальная модель» I-401 или физическое воплощение в форме гуманоида) они ввязываются в войну с «призрачным флотом».

Хотару переехала с родителями из Токио в деревенскую глубинку. Теперь ей предстоит привыкнуть к своей новой школе, где вместе с ней в классе учатся всего пять учеников начального и среднего школьного возраста, и узнать, что повседневная жизнь в сельской местности может быть полна приключений.